Muito se tem debatido acerca da sua origem desde teorias que alegam que a palavra derivará do aumentativo do termo latino Fundus (Herdade ou Quinta) ou Fundanus (Quinteiro ou Lavrador) até outras que apresentam a sua localização geográfica como prova evidente da sua origem.
Diz o Prof. Dr. José Pedro Machado na página 192 da sua obra "Palavras acerca de palavras", "Não se perdeu ainda a noção da origem do topónimo, porque todos o empregam com o artigo: o Fundão, vou ao Fundão, estive no Fundão. Isto justifica a etimologia geralmente proposta e seguida: o substantivo fundão "local situado no fundo de elevação; depressão, vale, cova, precipício, que continua com bastante uso".