A origem da construção da igreja do Senhor Jesus da Ponta Delgada tem origem num milagre que aconteceu há muitos, muitos anos, quando esta cidade era apenas ainda uma pequena povoação que pertencia a Vila Franca do Campo, na ilha de S. Miguel, nos Açores.
Andava uma mulher a apanhar lapas nas rochas junto ao mar quando viu de repente um crucifixo com uma imagem de Cristo em tamanho natural a boiar nas águas. Como o acesso à imagem não era fácil, decidiu voltar à povoação, onde avisou o padre do que tinha visto.
Impressionado, o sacerdote acompanhou a mulher à praia e verificou com os seus próprios olhos a veracidade do sucedido. O padre entrou dentro do mar e retirou a imagem que foi levada em procissão pela população, que, entretanto se tinha juntado na praia, até à capela de Ponta Delgada.
No dia seguinte, perante o espanto geral, o crucifixo foi encontrado enterrado a prumo na areia da praia, perto do local onde tinha sido achado. A população tornou a levá-lo em procissão para a capela, mas apenas horas mais tarde aparecia de novo na praia e, desta vez, o crucifixo estava rodeado de canas como que a delimitar a área de um templo.
Respeitando a vontade de Cristo, os habitantes nunca mais retiraram a imagem e iniciaram ali mesmo a construção de uma igreja que se veio a tornar na paróquia de Ponta Delgada.
Foi construído um muro para proteger o templo da fúria das águas do mar, mas, diz a lenda, embora as águas ultrapassassem o muro e chegassem ao adro, nunca se atreveram a entrar dentro da igreja.
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