Teve a sua origem entre 1321 e 1607 e resultou da união de diversos povoados e quintas. Entre eles destacam-se o povoado de Santa Maria da Quebrada, o povoado do Forte Guilherme, o povoado do Simão e o povoado da Boa Rapariga. Somente existe registo do povoado de Santa Maria da Quebrada. A junção de todos estes povoados formou o que é hoje a freguesia da Benquerença. Dizem que a origem do seu nome, deve-se ao facto dos seus habitantes se darem muito bem.
Neste local existiu um povoamento romano, assim como em toda a região envolvente. Apesar da acentuada despovoação após a invasões árabes, Benquerença foi repovoada através da carta de aforamento a Penamacor, em 1189.
Provavelmente o topónimo em "bem", advérbio, desta freguesia data desta época. Benquerença manteve-se sempre foreira à coroa e a Penamacor, conseguindo manter-se livre da influência de algumas famílias nobres que se haviam apoderado de outras freguesias do concelho.
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