Sobre a origem do nome "Porto Brandão" pouco se sabe , a não ser as histórias que se contam de geração para geração.
Segundo essas histórias, até à tomada de Almada pelos Mouros, Porto Brandão chamava-se "Equabona", e a designação que actualmente tem deverá ter surgido entre 1472 e 1519.Por essa altura existia no local a Quinta da Azenha Cabeça de Morgado, cujo último proprietário, por herança, foi Francisco de Sá Menezes, que morreu sem deixar descendência. Francisco de Sá Menezes era bisneto de Diogo Brandão, responsável pelas Obras Públicas de Lisboa.
Por sua vez, Diogo Brandão era filho de Pedro Brandão, cujo apelido deu origem ao nome Porto Brandão, que na altura era conhecido por Porto do Brandão.