Existem duas teorias sobre o seu topónimo.
Uma que deriva do apelido flamengo do seu 1.º Capitão-donatário, Hurtere e outra, que nos parece mais plausível já que Hurtere derivou para Utra e depois Dutra, de que Horta terá surgido pelas variadas hortas e jardins que na altura existiam na ilha.
Como a palavra "jardim" ainda não existia no antigo vocabulário, "horta" servia para englobar culturas, flores e árvores. É esta a opinião que encontra maior consenso entre os mais antigos historiadores faialenses e como defende Osório Goulart, escritor e filólogo faialense.